本发明公开了一种毛酸浆发酵果汁及其制备方法与应用，属于食品加工技术领域。本发明的毛酸浆发酵果汁的制备方法包括以下步骤：将毛酸浆果去萼洗净，打浆过滤，得毛酸浆果原汁；在上述毛酸浆果原汁中接种发酵菌剂，于35～40℃发酵55～65小时，得所述毛酸浆发酵果汁。本发明的毛酸浆发酵果汁具有丰富的多酚、黄酮和多糖，香气层次丰富持久；本发明的毛酸浆发酵果汁对机体免疫系统有有效的调节与保护作用；本发明的毛酸浆发酵果汁可显著调节肠道菌群环境，使益生菌增多，且能更好地附着于肠道内壁，使宿主可更好地对摄入的食物进行吸收和消化。