本发明涉及一种基于智能变形决策的无人机节能飞行控制方法及系统，基于无人机纵向飞行动力学模型，结合反步控制方法，以推力和舵偏为控制量设计纵向飞行跟踪控制律；根据翼展与翼厚变化上下界网格化处理获得无人机的组合变形状态，分析无人机在飞行包线内多维工作点的气动参数数据，构建无人机气动数据库；设计用于节能飞行的变形决策指标，基于径向基神经网络方法建立智能变形决策模型；联合智能变形决策模型与纵向飞行跟踪控制律，实现基于智能变形决策的无人机节能飞行控制。本发明能够完成无人机变速度变高度动态飞行任务的高精度跟踪，同时节省推力消耗能量，具有易于工程节能实现的特点，适用于具有机翼对称变形特点的无人机飞行控制。