本发明涉及一种磁梯度测量系统的磁干扰补偿方法，将磁梯度测量系统安装在承重平面的装配位，在水平方位上均匀设置若干基准点；控制承重平面依次旋转至每个基准点处，在每个基准点处执行预设的方位机动动作、俯仰机动动作和横滚机动动作，基于执行结果，获得总干扰Hd，进行磁干扰补偿。本发明可针对性解决磁梯度测量系统的磁干扰影响，得到消除误差后的磁场信号；过程中，机动动作覆盖真实测磁作业的最大机动范围，获取的磁干扰信息全面完整，确保测量效果的全面性；避免地磁梯度影响，从而确保系统的位置在矢量空间相对固定，具备足够的载荷用于测量系统的负重；装置采用完全无磁性的材料加工制作，确保了磁信号的准确性。