一种全复合材料飞行器电磁兼容数字化模型建立方法，包括如下步骤：将全复合材料飞行器电磁兼容数字化模型分为全复合材料飞行器屏蔽效能模型和飞行器舱内电磁干扰关联关系模型；利用复合材料界面的反射损耗模型、复合材料内的传输损耗模型、飞行器几何模型，建立全复合材料飞行器屏蔽效能模型；利用器上辐射源设备参数化模型、器上敏感设备参数化模型、器上敏感设备接受到所有辐射源设备的干扰功率矩阵，建立飞行器舱内电磁干扰关联关系模型。本发明充分考虑了复合材料屏蔽效能及导电特性、飞行器几何尺寸、器上设备布局及关联关系以及舱内外电磁环境，是进行全飞行器电磁兼容量化设计评估的关键。