本发明涉及飞机测试技术领域，公开了飞机结构抗冲击测试用水锤效应抑制系统及方法，包括油箱外保护壳，设置在所述油箱外保护壳内的水锤抑制结构；所述水锤抑制结构包括设置在所述油箱外保护壳内的油箱内壳，夹设在所述油箱内壳与油箱外保护壳之间的缓冲组件，以及设置在所述油箱内壳上的油箱纵向隔断组件；所述油箱内壳内部具有燃油主储存室；所述油箱内壳与油箱外保护壳之间夹设形成燃油次储存室；抑制方法包括：S1、离散源冲击产生水锤效应；S2、水锤效应的第一抑制；S3、水锤效应的第二抑制；S4、水锤效应的第三抑制；本发明能够对射弹产生的水锤效应进行有效抑制，提升飞机燃油箱的抗冲击能力。