本发明公开了一种智能网联环境下道路风险预警控制器优化布设方法及系统，包括：将路网分割成n个元胞，并建立包含n个元胞的混合交通流模型；获取每个路段内车辆总数量和自动驾驶车辆数量，并计算自动驾驶车辆的混入率；基于混合交通流模型和自动驾驶车辆的混入率，计算不同自动驾驶车辆混入率下的系统矩阵集合A；基于混合交通流模型，设计输入矩阵Bi；利用系统可控性秩判据，计算Rank(Am,Bi)的值是否为n；若是，则保留输入矩阵Bi；筛选满足所有混入率下的输入矩阵，并选择布设位置最佳、数量最少的输入矩阵作为控制矩阵；基于控制矩阵，进行控制器的布设。本发明可实现在复杂的混合交通流场景下，保障路网系统安全高效运行。