本发明提供了一种用于轨道交通双方向供电系统的过电流保护方法，包括以下步骤：S1：所有变电所的进出线和馈线的保护装置监测本间隔的电流大小和方向，S2：某个保护装置监测的电流值超过过电流保护整定值且电流方向为正时，过流保护启动，向其它对应保护装置发送过流保护启动信号；其中，电流流出母线为正方向，流入母线为负方向；S3：接收到的过流保护启动信号和本间隔保护装置判断出的过流保护启动信号符合跳闸逻辑后，保护装置跳闸，实现过电流保护动作。本发明适用于双方向供电系统的过电流保护，能够准确判断环网故障、母线故障和馈线故障的发生位置，并控制保护装置进行保护动作。