本申请公开了一种时钟同步控制方法及系统，方法应用于主控制器，所述主控制器与至少一个从控制器连接，所述方法包括：在主控制器获取到多个时钟源各自产生的时钟信号后，获取主控制器中的高精度定时器定时预设时长时各所述时钟源的计时时长；根据所述预设时长和各所述时钟源的计时时长，从所述多个时钟源中选取目标时钟源；根据所述目标时钟源的当前时间调整所述主控制器的当前时间，并将所述主控制器调整后的时间同步至所述从控制器。通过采用上述方法，可以使选取的时钟源产生的时间更准确，提高了时钟同步控制系统的时间的准确性。