本发明属于天然植物提取技术领域，公开了一种牡丹花低聚糖提取物的制备方法及其用途。制备步骤包括：(1)向牡丹花中加入含纤维素酶、酸性蛋白酶和果胶酶总浓度0.1%～0.3%的复合酶液进行第一次酶解，水提，浓缩，得浓缩液；(2)向浓缩液中加入含纤维二糖酶、葡聚糖酶和β‑半乳糖苷酶总浓度0.05%～0.2%的混合酶液进行第二次酶解，脱色，得脱色液；(3)将脱色液进行醇沉、浓缩，过滤和冻干处理，得到牡丹花低聚糖提取物。本发明制备的牡丹花低聚糖提取物收率达15%以上，提取物总糖含量达90%以上。本发明制备的牡丹花低聚糖产品具有修复紫外线引起的皮肤损伤的作用，有效提高皮肤光泽，提高抗氧化作用。