本发明提供了高产异亮氨酸的谷氨酸棒状杆菌的选育方法，以谷氨酸棒杆菌为对象，在30‑37℃，100‑200 r/min的摇床中培养一定时间后，经过常温常压等离子体诱变处理50‑180 s后，接种到0.05‑0.4 mg/mL浓度的磺胺胍培养基中30‑37℃培养1‑2天，经过培养后，利用氨基酸与茚三酮的特异性反应与相对应的菌株发酵上清液进行96孔板高通量筛选，可选育出高产菌株Corynebacterium glutamicum B1。该菌株在100mL摇瓶发酵30‑48 h的条件下异亮氨酸产量较原始菌株提高了62.03%，且遗传性状稳定。该方法建立了磺胺胍标记初筛和茚三酮多孔板检测的高通量筛选策略，可以广泛应用于高产异亮氨酸的谷氨酸棒状杆菌高通量选育，提高筛选效率，具有巨大的应用价值。