本申请公开了一种深水桥梁基础桩施工方法，其包括步骤钻孔平台搭设、钢护筒插打、钻孔、溶洞处理、吊装钢筋笼和灌注混凝土，溶洞处理步骤中，若出现体积大于设定值的无填充溶洞时，则采用护筒跟进的方式进行护壁，在钻穿溶洞前，先使用护筒将泥浆隔绝，从而减少钻穿溶洞时泥浆的泄漏量，降低孔壁坍塌的概率，使得钻孔能够顺利进行；钻穿溶洞后，向溶洞内投放片石、碎石和膨润土以填塞溶洞，由于采用冲击钻冲砸密实，无需将整个溶洞填塞满，只需填塞桩孔周围的空间，冲砸密实后即可防止泥浆和混凝土泄漏，减少填充用料，缩短施工时间。本申请具有使得钻头顺利穿过溶洞区的效果。