本发明涉及抛石监控领域，提供一种智能抛石实时监控方法及系统，包括：将声呐设备安装在抛石船的侧面，对所述声呐设备进行配置调试，通过所述声呐设备采集抛石前高程数据，设置网格模型；所述抛石船进行抛石作业，同时所述声呐设备实时采集抛石后高程数据；通过所述抛石前高程数据、所述网格模型和所述抛石后高程数据计算获得抛石前后水底高程差；通过所述抛石前后水底高程差和所述网格模型计算获得抛石方量；计算获取断线面，通过所述断线面、所述抛石前后水底高程差和所述抛石方量判断抛石作业是否合格。本发明可以实现对于抛石工程的实时监测，优化了整个抛石流程；可以对航道底部的地形进行量化计算，提升航道底部模型的建模精度。