本发明属于燃料电池控制技术领域，提供一种根据燃料电池当前运行工况采取不同的缺氢检测方法，针对燃料电池开机与关机工况，检测氢气进口与出口的压力差以及氢气出口压力与目标压力的压力差；针对稳定运行工况和变载工况，检测电堆输出电流波动率在单位时间内的变化量；从而实现燃料电池运行全工况领域是否存在缺氢异常，当检测的压力差或电流波动率超过设定阈值，燃料电池域控制器判断为电堆阳极缺氢，采取系统降功率或关机等操作，故障阈值由膜电极MEA活性面积、催化剂配方、双极板流场结构、衰减程度等参数进行修正，从而在燃料电池系统控制方面达到抗反极的效果。本发明可以有效的预防缺氢对电堆的破坏，延长燃料电池使用寿命。