本发明涉及集装箱堆叠领域，应用于轨道式集装箱起重机，提供一种自动堆叠方法、装置及系统，包括大车、小车架、吊具、控制器。通过3D激光扫描器得到目标检测信息，所述控制器对目标检测信息进行处理得到小车架目标检测位移量和吊具目标检测位移量。通过倾角传感器得到补偿检测信息，所述补偿检测信息包括补偿小车架倾角和补偿吊具倾角，所述控制器对目标检测信息和补偿检测信息进行处理得到小车架补偿位移量和吊具补偿位移量。根据小车架目标检测位移量和小车架补偿位移量求和得到小车架实际位移量，根据吊具目标检测位移量和吊具补偿位移量求和得到吊具实际位移量，自动执行小车架实际位移量和吊具实际位移量。