本发明属于工程测绘技术领域，公开了一种工程装置终端识别跟踪定位方法、系统、应用。在工程装置终端上不同位置设置至少2个标靶，保证跟踪设备和多个标靶之间不会同时被遮挡；跟踪设备先对工程装置终端上的标靶进行捕捉和识别，然后按照设定的跟踪顺序锁定序号在先的标靶，再根据标靶与工程装置终端之间的坐标关系计算出工程装置终端的位置坐标；如果锁定标靶被遮挡跟踪丢失，跟踪设备对工程装置终端上的可视标靶进行重新捕捉和识别，按设定顺序锁定可视范围内最先的标靶，并进行跟踪定位。只要跟踪目标上至少有一个标靶可视，则跟踪定位工作会连续进行，不致中断，不会因跟踪定位目标上某一标靶被遮挡而导致跟踪丢失。