本发明提供一种统计数据因果效应评估方法及系统，涉及流程工业质量管控与优化技术领域，方法中先获取待估计因果效应的统计数据，并对统计数据中的处理变量进行等区间离散化处理；选取协变量并利用逻辑回归计算倾向得分；基于计算出的倾向得分，分别采用多种匹配方法进行匹配；检验处理组和控制组在协变量上是否平衡，同时进行重叠性假设检验；分组估计处理变量对结果变量的因果效应并进行显著性检验。方法解决了流程工业加工过程中基于相关性无法找出变量间的因果性以及无法消除混杂变量影响的问题，能够很好的识别出对质量指标存在因故关系的工艺变量，并估计出因果效应大小，从而可以为生产过程提供指导干预，达到优化质量指标的目的。