本发明提供一种替代船用曲轴与船体轴系法兰孔同铰用定位装置及方法，采用高精度模板主体作为中间过渡，模板主体具有定位端面，定位端面内具有与船用曲轴和船体轴系法兰的法兰连接孔数量相同的贯穿孔，贯穿孔内安装衬套，待加工的法兰孔所对应的贯穿孔内设置有导向套，刀具通过导向套对待加工法兰连接孔进行加工。模板主体在曲轴法兰和轴系法兰的法兰连接孔加工过程中作为加工基准，起到过渡作用。如此加工后，曲轴法兰与船体轴系法兰可直接高精度对接固定，不再需要在船舱内装配对位后再加工，降低了难度，显著提高加工效率和产品质量。