本发明涉及基因数据分析技术领域，具体地说，设计一种基于半监督图神经网络的个体驱动基因预测方法，其包括以下步骤：1)利用个体患者基因组数据构建个体化基因交互网络PGIN；2)用标签重用策略训练图注意网络GAT，识别个体化驱动基因，具体为：a、通过将邻接矩阵、初始节点特征和节点标签作为输入的初始GAT模型获得初始预测标签；b、在GAT上应用了标签重利用策略预测癌症驱动基因；c、对基因进行投票，并对基因得分进行排序，以获得个体患者的基因排序。本发明能较佳地进行个体驱动基因预测。