本发明公开了一种硅藻土的生物再生方法及其在啤酒过滤工艺中的应用。1）将保藏编号为CGMCC No.40150的链格孢菌菌株在培养液中培养至指数增长期后，提取菌液离心处理后使用0.85%无菌生理盐水制成菌悬液；2）在室温条件下，按每100 g废硅藻土中加入5 mL上述菌悬液进行生物再生处理；3）每日测定废硅藻土中蛋白质的含量，直至蛋白质下降至最低点后开始出现上升；4）生物再生处理完成后，将处理后的硅藻土取出并进行研磨，干燥，得到生物再生硅藻土。本发明利用筛选的真菌菌株去除硅藻土中的蛋白质，再生后的废硅藻土吸附能力得到了有效的恢复；再生硅藻土可有效降低啤酒中的蛋白质，色度及浊度，且能提升其非生物稳定性，实现了废硅藻土的二次利用。