本发明公开了一种海藻糖结晶方法，属于海藻糖结晶技术领域，包括下述过程：取海藻糖液至晶种罐中，温度稳定后加入晶种；边搅拌边蒸发浓缩使晶种预生长，并缓慢降温至与主体结晶釜海藻糖液相同温度；将表面活性剂加入到结晶釜中，搅拌混匀；将晶种罐中晶种糖液加入到结晶釜海藻糖液中，在附加磁场下阶段性降温结晶，然后经离心、洗涤、干燥，即得海藻糖晶体。本发明减少了加晶种时温度降低，晶种结块及分散不均等问题，提高了晶体的均匀程度，产品纯度高，质量稳定。