本发明公开了一种未知融合基因的检测方法。本发明所要保护的构建未知融合基因检测文库的方法，包括将样本的总RNA在逆转录体系中进行逆转录或将所述总RNA片段化后在逆转录体系中进行逆转录获得逆转录产物；将所得逆转录产物在第一轮扩增体系中进行PCR扩增，获得第一轮PCR扩增产物，所述第一轮扩增体系含有TSO‑F引物和第一特异性引物；将第一轮PCR扩增产物在第二轮扩增体系中进行扩增，获得未知融合基因检测文库，所述第二轮扩增体系含有所述TSO‑F引物、第二特异性引物和Barcode引物。通过对使用本发明所提供的构建方法得到的文库进行测序和生物信息分析，可准确得到与已知目标基因相融合基因的信息。