一种深水区域内钢套箱围堰的定位方法及定位系统，其包括如下步骤：将锚绳的第一端连接于水中的锚碇，第二端贯穿于第一层钢套箱围堰，且将第二端的端部收锚于预先设置在第一层钢套箱围堰位于水面以上部位的收锚系统。向上接高第二层钢套箱围堰，将锚绳的第二端向上牵引，贯穿于第二层钢套箱围堰，且将锚绳的第二端的端部收锚于预先设置在第二层钢套箱围堰的收锚系统。本申请的锚绳将多层钢套箱围堰贯穿连接，锚绳数量的减少，减轻了收锚工作量，提高了施工效率，并且能够节省施工成本。此外，每层钢套箱围堰设置有收锚系统，因此，锚绳的端部可以直接收锚于该层围堰的收锚系统即可，提高了施工效率。