本发明涉及一种双水平井磁导向测量室内模拟标定装置及方法，装置包括机架、Y向支撑架、Z向支撑架、三向转动平台、磁短节以及探管，机架上设有用于装配探管的探管装配结构；Y向支撑架上设有第一驱动机构，Z向支撑架的顶端设有第二驱动机构，Z向支撑架上还设有第三驱动机构；机架的顶部设有X向光栅尺，Y向支撑架上设有Y向光栅尺，Z向支撑架上设有Z向光栅尺；三向转动平台与译码器连接，Y向支撑架的两端滑动设置在机架的顶部并能够在第一驱动机构的驱动下沿X向运动，Z向支撑架的顶端滑动设置在Y向支撑架上并能够在第二驱动机构的驱动下沿Y向运动，三向转动平台滑动设置在Z向支撑架上；磁短节安装在三向转动平台上。