本发明公开了一种主变过热缺陷故障自适应诊断方法及系统，一种主变过热缺陷故障自适应诊断方法，包括以下步骤：S1，分析主变内部主要过热原因；S2，确定主变发热量引发条件，计算变压器负荷量；S3，将变压器负荷量与单位时间内实测的发热量进行对比；S4，根据对比结果进行主变状态判别，并进行自适应调整；还提出一种主变过热缺陷故障自适应诊断系统；本发明解决了现有变压器设备在内部过热时不能够得到及时解决的问题，本发明在确认主变内部主要过热原因后，计算出变压器负荷量，并与单位时间内实测的发热量对比，得出判断结果，本发明能够维持变压器设备内部的平衡性温度变化状态，防止变压器内部过热引起电力资源浪费。