本发明公开了一种基于双绕组折叠PCB结构的EMI滤波器，包括磁芯、共模耦合绕组和端接结构；共模耦合绕组为采用基于FR4基板的PCB绕组结构，所述PCB绕组结构设置在上下磁轭之间及边柱的全封闭结构内，且中柱穿过所述PCB绕组结构的中心孔；所述PCB绕组结构包括若干垂直堆叠的双绕组折叠PCB结构，双绕组折叠PCB结构是将8字形双绕组沿对折线180°折叠形成垂直堆叠结构的平面共模扼流圈；双绕组折叠PCB基板上的绕组通过第一端接结构进行级联，实现各PCB板上共模耦合电感匝数的串联；第二端接结构为共模耦合绕组的输入与输出端口，与外部变换器功率母线连接。多PCB垂直堆叠的级联结构有效解决了平面耦合共模电感在采用铁氧体磁芯时面临的小体积和高感值的矛盾。