本发明公开了一种基于多场次洪水来源特性的洪水地区组成设计方法及系统，首先收集研究站及其上游分区水文站的日径流资料并进行年最大采样，推求所述研究站特定重现期的设计洪量；根据研究站年最大洪水发生日期对分区水文站日径流资料采样，形成分区洪水集W并进行奇异值分解，得到地区组成范式集M和范式系数集T；计算各分区洪水与第一范式的范式系数的偏离率，根据偏离率最小原则从W中确定典型年，据此确定洪水分配方式；选取对典型年最大洪水贡献率超过阈值K的主要范式重构洪水地区组成；最后按照设计洪量缩放洪水地区组成得到研究区设计洪水地区组成。本发明综合考虑研究区多场次洪水来源特性，为洪水地区组成分析计算提供了新思路。