本发明公开了一种基于指令域的数控加工工艺数据标记方法及系统，属于数控加工技术领域。方法包括：采集数控加工过程中的工艺参数、主轴功率、指令信息和外部响应信号；对外部响应信号去噪平滑；基于信号相关性分析的方法实现外部响应信号与数控系统内部响应信号的时间起点同步；使用曲线拟合的方法实现不同频率信号的时间同步，基于邻域实现工艺参数与响应数据的空间同步与标记；最终实现数控加工中工艺数据与响应数据的自动标定，获得对应的“工况‑响应”描述。本发明针对数控加工中工艺信息与响应信息自动标记的多个难点，逐一进行解决，利用多项技术实现工艺信息与响应信息的快速准确标定，且简单易实现，具有广泛的适用性。