本发明公开了一种轨道板的等效厚度计算方法及系统，包括：在第一轨道板模型和第二轨道板模型的顶面分别施加预设荷载，以获取第一垂向位移和第二垂向位移；若第一垂向位移等于第二垂向位移，则以当前第一轨道板模型对应的第一轨道板截面厚度，作为待测轨道板的第一等效厚度；若不等于，则通过调整第一轨道板截面厚度，以计算得到第一等效厚度；其中，第二轨道板模型是根据待测轨道板的第一参数构建得到的三维非长方体模型，第一轨道板模型是根据第二参数构建得到的三维长方体模型。本发明通过计算得到第一垂向位移等于第二垂向位移时的第一轨道板截面厚度，作为等效厚度计算结果，为待测轨道板的配筋和形心保持一致提供准确的配置依据。