本发明公开了一种猪圆环病毒3型病毒样颗粒的纯化方法及其应用，属于生物制品分离纯化技术领域。本发明将表达猪圆环病毒3型病毒样颗粒的培养物进行澄清，澄清液灭活后调pH以便于挂柱，然后，利用更易于猪圆环病毒3型病毒样颗粒挂柱的MMC(复合阳离子)交换柱进行纯化，利用合适的缓冲液洗脱得到纯化样品。本发明方法得到的猪圆环病毒3型病毒样颗粒的纯度高达90％，回收率高达95％。且本发明方法利于生产操作，为猪圆环病毒3型杆状病毒载体灭活疫苗的制备提供了更加安全可靠的途径。