本发明提供一种基于结构的针对肽配基分子与靶蛋白的平衡解离常数评估模型，包括：肽配基平衡解离常数数据的获取；肽配基与其受体蛋白相互作用关系特征数据获取；用于算法系统构建的数据集：靶向IgG系列多肽特征库和靶向αβ42系列多肽特征库的构建，独立验证数据集的构建；使用靶向IgG系列多肽特征库构建机器学习算法分类器系统，优化相关参数并用靶向αβ42系列多肽特征库进行测试并评估系统性能；使用构建的相关独立数据集对系统实际预测性能进行评估。本发明利用虚拟筛选的方法对肽配基与靶标蛋白相互作用区域进行研究，将进一步提高药物筛选效率并降低相应成本。