本发明公开了一种多模态图森林的肺癌淋巴结转移辅助诊断系统，包括：CT深度特征获取模块：获取CT深度特征；多模态数据异构图构建模块：用于根据多模态特征类型定义表示不同特征类型的多模态节点；并根据医学先验知识，定义节点与节点之间的关系构建多模态数据异构图；异构图森林构建模块：构建异构图森林；淋巴转移诊断结果模块：获取所述异构图森林中每个子图的图表征，将每个子图的图表征通过全连接层的输出得到对应的患者淋巴转移概率，对每个子图对应的患者淋巴转移概率进行平均得到最终的患者淋巴转移预测结果。本发明可有效考虑不同种类特征之间的相关关系，提取的深度特征在预测淋巴结转移时有更好的泛化能力。