一种低可视环境状态下的结构健康监测方法及系统，其中方法包括：S1、将若干加热件分别设在待测结构的若干测点位置，将红外线热成像仪固定于指定位置；S2、通过红外线热成像仪拍摄待测结构运动影像；S3、对影像进行逐帧处理，得到多张二值图像以及二值图像的多个连通组件，确定各加热件对应的加热件组件；S4、根据多张二值图像，计算各加热件在各二值图像拍摄时的位移，并按时间序列连接得到加热件动位移；S5、利用频域分解法对各加热件动位移进行结构频谱分析，得到待测结构在各阶模态的固有频率和振型；S6、根据待测结构在各阶模态的固有频率和振型，判断待测结构是否发生破坏。本发明旨在克服现有结构健康监测技术在实际工程应用时存在的局限。