本发明公开了一种在中性或偏中性环境下生物浸出离子型稀土矿的方法，包括如下步骤：1)中性或偏中性环境下传代驯化培养功能菌株；2)将功能菌株活化后，在种子培养基中培养，得到菌悬液；3)将菌悬液接种于已灭菌的液体培养基，并在已灭菌的发酵罐中发酵，得到发酵液；4)将发酵液离心分离后，取上清液作浸出剂；5)将浸出剂与离子型稀土矿混合，进行浸出，得到浸出液。本发明在中性或偏中性环境下生长及发挥作用，解决了如今工业上酸性污染的问题，突破了传统生物浸出方式中酸浸的缺陷，可同时实现经济效益和生态效益，提高资源利用率。