本发明提出一种孤岛微电网系统的控制方法和装置，所述控制方法包括如下步骤：S1、采集设备的电气信息量；S2、设定电气信息量的上下限范围；S3、根据设备的电气信息量，确定并调整系统的运行模式。本发明通过结合光伏风电输出功率、蓄电池荷电状态、气象数据和生物燃气储量进行综合研判，系统可分为7种运行模式，这7种运行模式对分布式发电单元的投入/切除、蓄电池储能系统的充放电功率进行合理的调度安排，在克服生物质厌氧发酵产气延时性难题，提高孤岛微电网系统运行稳定性和自续航能力的同时，较好地平衡了各发电单元的出力，就地消纳了大量生物燃气，为解决厌氧发酵副产物的处理问题，提供了理论参考，扩大了生物质发电的应用领域。