本发明提供一种飞轮储能控制系统及其控制、保护和转子位置角冗余方法，包括：至少一个交错并联六相三电平变换器、一个信息检测单元、一个控制单元、一个电机和至少一个制动单元；所述电机、所述制动单元均通过信息检测单元连接至所述交错并联六相三电平变换器的输出端；所述制动单元与电机的定子绕组电连接；信息检测单元的输出端与控制单元的输入端电连接；控制单元的输出端与交错并联六相三电平变换器电连接。本发明有效提高飞轮储能系统稳定运行时的工作效率和飞轮储能系统的可靠性。