本发明涉及一种自编码器溯源入侵检测方法及装置，根据用户行为的溯源数据构建表示用户行为的溯源图；根据溯源图中各个节点的节点重要度将所述溯源图划分为多个溯源子图，每个溯源子图代表用户的一个行为实例；所述节点重要度通过节点间的依赖关系以及节点自身的属性个数来度量节点在溯源图中的重要程度；将非欧空间的溯源子图转变为欧式空间的图序列，得到行为实例序列；将所述行为实例序列输入到预先训练好的自编码器模型中提取行为实例特征并进行异常行为检测。本发明能有效解决现有技术难以从海量溯源数据中挖掘分析出异常操作，分析工作量巨大而导致检测效果不佳的问题。