本发明提供用于对准样本的图像的方法及系统。一种方法包含减少通过成像子系统针对样本而产生的测试图像中的噪声，由此产生经去噪测试图像。所述方法还包含检测所述经去噪测试图像中的至少在水平方向或垂直方向上延伸的一或多个经图案化特征。另外，所述方法包含将所述经去噪测试图像的所述所检测一或多个经图案化特征位于其中的区指定为所述经去噪测试图像中的所关注区域。所述方法进一步包含：仅使用所述经去噪测试图像中的所述所关注区域及所述样本的参考图像中的对应区将所述经去噪测试图像与所述参考图像对准。