本发明公开了带有不匹配干扰的塔式吊车周期滑模控制方法及系统；其中方法，包括：获取四自由度塔式吊车系统的参数数据和运行状态数据，基于获取的数据构建带有未知/时变控制方向的四自由度塔式吊车系统的动力学方程；基于四自由度塔式吊车系统的动力学方程，构建非线性扰动观测器；通过非线性扰动观测器，对不匹配干扰进行估计；基于四自由度塔式吊车系统的动力学方程和估计的不匹配干扰，建立滑模面和周期滑模控制器；所述周期滑模控制器，用于处理四自由度塔式吊车系统的未知/时变控制方向，抑制并消除负载摆动；基于滑模面和周期滑模控制器，驱动臂架和台车达到各自的目标位置处，并使得负载摆动为零或者在预设范围内。