本发明公开了一种轴流式水轮发电机组螺栓检测方法及系统，属于水轮发电机检测技术领域。在常规的螺栓裂纹检测中引入了螺栓预紧力分析评估和历史数据分析评估，通过螺栓预紧力分析评估可以评估当前工况下螺栓预紧力是否满足对于疲劳载荷的抵抗，当螺栓预紧力评估异常时，则说明螺栓有潜在的疲劳风险，与此同时，在螺栓预紧力和螺栓裂纹检测中均未发现异常时，通过将当前工况下的检测数据和历史数据进行对比分析，可以分析预估螺栓的疲劳趋势，由此实现对螺栓的疲劳进行预估分析，防范于未然。本发明的通用性好，能够适用于轴流式水轮发电机组中不同位置、不同规格的螺栓检测。