本发明公开了一种刺梨薏仁米复合饮料及其制备方法，属于食品加工技术领域。本发明首先将薏仁米浆加热糊化，之后加入α‑淀粉酶进行液化，再加入糖化酶进行糖化，得到薏仁米酶解液；之后以刺梨汁和薏米酶解液为原料，以营养价值极高的真菌云芝和益生菌植物乳杆菌为发酵菌种进行分阶段发酵，得到一种兼有刺梨果香味、薏米米香味、云芝特有菇香味和乳酸发酵味的发酵液，再经均质、过滤离心、杀菌，得到一种新型天然发酵饮料。本发明制得的天然发酵饮料色泽亮黄清澈、滋味酸甜可口，发酵风味独特而浓郁，并且本产品具有一定的降血糖能力，饮用更健康。