一种双向止水围堰结构施工方法，其施工步骤为：S1.岩石基础开挖施工；S2.混凝土垫层及水平止水带施工；S3.基础帷幕灌浆施工；S4.上部现浇沉箱结构施工；S5.箱内回填石料；S6.双向止水围堰结构验证。本发明采用先进行下部岩石基础开挖，然后浇筑混凝土垫层及埋设水平橡胶止水带，采用帷幕灌浆对岩石裂隙进行注浆施工；在混凝土垫层顶部进行凿毛后，现浇上部沉箱结构并布设竖向橡胶止水带，最后在沉箱内回填石料，通过上下部有效衔接，形成了双向止水围堰结构，双向止水效果好。