本申请公开了一种中水多波束测深系统、方法及装置。所述系统设置于载体上，包括：平面发射阵，用于向目标水域发射测深波束和多个指定方向的测速波束；沿载体的宽度方向呈线性阵列排布的多个第一接收基元以及沿载体的长度方向布设的第二接收基元及第三接收基元，用于接收目标水域针对测深波束反射的测深信号以及目标水域针对多个指定方向的测速波束分别反射的测速信号；惯性导航设备，用于采集载体的位姿信息；控制设备，用于根据测速信号确定多个指定方向上的载体速度信息，将得到的载体速度信息与惯性导航设备当前采集的位姿信息进行融合处理，以得到修正位姿信息，以及根据修正位姿信息和测深信号，确定目标水域的水深信息。