本发明提供了一种基于硅基微系统的三维封装方法，属于硅基微系统微组装技术领域，包括在掩膜版上制作预设闭环图形；在第一层硅基板的上表面上和/或第二层硅基板的下表面上，涂胶、光刻、显影，形成预设闭环图形；在第二层硅基板上刻蚀第一窗口；在预设闭环图形上先溅射种子层，再电镀，获得隔离环；第二层硅基板相对堆叠在第一层硅基板上，隔离环环绕第一窗口；在隔离环区域内涂胶，将芯片胶接在第一层硅基板上。本发明在芯片周围设置了隔离环，芯片涂覆导电胶胶接时，由于隔离环能够对导电胶的溢流起到阻挡的作用，使导电胶只能在隔离环内，避免了导电胶外溢与周围的信号孔或电路图形相连导致封装器件短路的问题。