本发明公开了一种酸鱼乳杆菌ZJUF YJ5及其应用，属于微生物技术领域。本发明从自然发酵果蔬中分离得到一株酸鱼乳杆菌(Lactobacillus acidipiscis)ZJUF YJ5，保藏号为CCTCC NO:M 2022661。本发明提供了酸鱼乳杆菌ZJUF YJ5在制备缓解便秘和抑制胃肠道致病菌的药物或功能食品中的应用。通过体外益生性能、斑马鱼模型、小鼠模型验证均表明其能够有效缓解便秘。本发明提供的酸鱼乳杆菌在便秘缓解中的应用是便秘治疗的新方法思路，对便秘治疗具有重要意义。