本发明公开了一种基于全麦糟的发酵饲料及其制备方法，属于发酵饲料技术领域。包括保鲜处理步骤、烘制步骤、好氧发酵步骤以及厌氧发酵步骤；所述保鲜处理步骤包括：取湿麦糟后立即向所述湿麦糟中添加乳酸菌；所述好氧发酵步骤包括：向经过所述烘制步骤得到的麦糟中加入混合菌种和酶制剂，好氧发酵，所述混合菌种包括酵母菌和芽孢杆菌，所述酶制剂包括纤维素复合酶、蛋白酶以及木聚糖酶；所述厌氧发酵步骤包括：向经过所述好氧发酵步骤发酵得到的麦糟中加入乳酸菌，厌氧发酵，得到发酵饲料。本发明应用于动物喂养饲料方面，解决现有麦糟处理技术存在麦糟容易变质、麦糟营养价值得不到有效利用、发酵技术不完善的问题。