本发明属于风力发电技术领域，具体涉及一种风力发电机组独立变桨控制方法及系统，包括以下步骤：1)获取提前变桨控制器输出的基础提前变桨角度β和为至少一个叶片提供的一个对应的补偿桨距角；将基础提前变桨角度与补偿桨距角之和作为叶片的最终提前变桨角度；其中，补偿桨距角依据基础提前变桨角度、最大允许补偿角度波动幅值、补偿系数K、叶片当前方位角和方位补偿角度得到；方位补偿角度用于使叶片方位角接近90°；最大允许补偿角度波动幅值依据基础提前变桨角度β确定；补偿系数K大于0；2)基于各叶片对应的最终提前变桨角度进行分别独立控制各对应叶片变桨。由此，本发明解决了现有技术中降低叶根载荷效果差和损失发电量的问题。