本发明公开了一种羊肚菌多糖纳米硒及其制备方法和应用，所述制备方法，将预设浓度的羊肚菌多糖溶液、Na2SeO3溶液和VC溶液加入反应容器混合，磁力搅拌充分反应，制备羊肚菌多糖纳米硒；所述预设浓度的羊肚菌多糖溶液、Na2SeO3溶液和VC溶液，以质量浓度计，羊肚菌多糖溶液：Na2SeO3溶液：VC溶液的为1:1:2～3。另外，本发明提供的羊肚菌多糖纳米硒，按照本发明所述制备方法制备获得，其为粒径在70‑75nm的球形非晶体，硒元素含量在60‑65％，对肝癌细胞和宫颈癌细胞有显著抑制作用，其诱导癌细胞凋亡的效果优于5‑FU，可应用于制备抗癌药物中，尤其是应用于制备抗肝癌或抗宫颈癌的药物。