本发明公开了一种船用甲醇发动机喷射控制系统、方法及运输设备。包括：发动机控制模块、驱动控制模块、信号模块和传感模块；所述信号模块用于设定甲醇喷射参数；所述发动机控制模块用于根据所述喷射参数生成驱动使能信号；所述驱动控制模块与所述发动机控制模块连接；所述驱动控制模块用于根据所述驱动使能信号驱动发动机的喷射器向气缸喷射甲醇；所述传感模块与所述发动机控制模块连接；所述传感模块用于采集所述发动机的状态信号；所述发动机控制模块还用于根据所述状态信号和所述喷射参数获得甲醇喷射量，并根据所述甲醇喷射量进行反馈。本发明的技术方案，实现对船用甲醇发动机甲醇喷射量的灵活控制。