本发明公开了一种机载光电侦察吊舱图像预跟踪功能的实现方法及系统，其中方法包括：机载光电侦察吊舱将原始光电图像传输至机载图像跟踪处理模块进行预跟踪处理；机载图像跟踪处理模块将经过预跟踪处理后得到的光电图像和总特征点集下传至地面指挥控制舱内的指控软件中；指控软件根据点选和总特征点集初次筛选特征点作为关注特征点集；机载图像跟踪处理模块计算关注特征点集在当前原始光电图像中的几何中心像素坐标；指控软件能够继续接收外部再次输入的点选位置，使机载光电侦察吊舱自动跟踪新的关注特征点集的几何中心。本发明可解决机载光电侦察吊舱由于无线电链路信号不佳或使用卫星通信链路时较大延迟引起的目标捕获跟踪困难问题。