本发明公开了一种基于遥感影像的水体透明度反演方法及系统，涉及水色遥感领域，所述水体透明度反演方法包括：获取水体遥感图像；对水体遥感图像进行预处理，得到水体遥感图像的反射率；根据水体遥感图像的反射率，确定水体的遥感反射率；根据水体的遥感反射率，采用QAA算法得到水体的固有光学特性，水体的固有光学特性包括：吸收系数和后向散射系数；根据所述水体的固有光学特性，确定半分析模型的漫射衰减系数；根据水体的遥感反射率，确定水体的FUI指数；根据漫射衰减系数和水体的FUI指数，确定水体透明度。本发明通过反演的方式能够准确、大范围的监测水体透明度，解决了对透明度这一水体水质参数的监测需求。